Организация учреждена по инициативе башкирских и киргизских предпринимателей при поддержке Правительства Республики Башкортостан и Правительства Киргизской Республики. Открытие Торгового дома способствует реализации национального проекта «Международная кооперация и экспорт», утвержденного майским указом Владимира Путина.
Создание международной ассоциации предпринимателей «Торговый дом в Киргизской Республике» велось при содействии Государственного комитета Республики Башкортостан по внешнеэкономическим связям. Председателем правления некоммерческой организации стал представитель Госкомитета республики по внешнеэкономическим связям в Киргизии на общественных началах Кочконбай Майлубашов.
Деятельность Торгового дома направлена на дальнейшее расширение торгово-экономических и культурных связей двух республик, продвижение продукции башкирского производства на рынках Киргизии, а также содействие участию деловых кругов Башкортостана в конгрессно-выставочных мероприятиях, проводимых на территории Киргизии, организации бизнес-туров и реализации совместных проектов.
Стоит отметить, что помимо Киргизской Республики Торговые дома Башкортостана работают в Словацкой Республике и Республике Болгария.