Войну он закончил майором, штурманом полка. Был участником Парада Победы в Москве 24 июня 1945 года.
На войну летчик попал после окончания Энгельсской военно-авиационной школы пилотов. В сентябре 1942 года сержант 944 полка совершил боевой вылет над Сталинградом. В городе, где в огне и дыму вершилась судьба мира, он получил первую боевую награду — медаль «За отвагу».
В 1944 году Муса Гареев стал командиром эскадрильи. Участвовал в кровопролитных сражениях на Донбассе, в Крыму, Белоруссии, Литве, Польше, Восточной Пруссии. Штурмовик атаковал вражеские аэродромы и железнодорожные узлы, оборонительные укрепления и артиллерийские батареи.
О бесстрашии летчика лучше слов говорят его ордена и медали. 1 мая 1945 года на праздничном построении командующий Первой воздушной армией генерал-полковник авиации Тимофей Хрюкин вручил Мусе Гарееву сразу две Золотые Звезды Героя — это был уникальный случай! А его стрелок Александр Кирьянов стал полным кавалером ордена Славы. Это тоже примечательный факт: во время войны Муса Гареев летал только с одним стрелком — Александром Кирьяновым, они стали друг для друга «ангелами-хранителями».